Integrerade ledningssystem har många förtjänster, men en av de stora fördelarna kan också vara en av de största svårigheterna, nämligen helhetstänkandet. I ett integrerat ledningssystem är det flera aspekter som ska vägas in och tas hänsyn till. Detta kan vara svårt både för den lilla organisationen där de saknar tid och kompetens att lägga på sitt ledningssystem, men även i den stora organisationen där de är vana att tänka separerat.
Den som vill bygga ett integrerat ledningssystem från grunden får därför räkna med en större arbetsinsats i det första skedet, jämfört med att bygga ett ledningssystem enbart för miljö.


