Stockholms universitets Östersjöcentrum inrättades 1 januari 2013, och består av två redan befintliga organisationer: Stockholms universitets marina forskningscentrum (SMF) och Baltic Nest Institute (BNI), samt administrering av det strategiska forskningsprogrammet Baltic Ecosystem Adaptive Management, BEAM. Totalt kommer verksamheten att omsluta cirka 45 miljoner kronor.
Fokus kommer att ligga på forskning och miljöanalys, att samla in kunskap och kommunicera den till rätt plats i samhället samt att tillhandahålla bra infrastruktur för marin forskning och utbildning. Förhoppningen är att Östersjöforskningen på så vis kommer att bli mer tillgänglig och användbar för beslutsfattare och allmänhet.