Enligt Energimyndigheten ska inte tilldelningen av utsläppsrätter baseras på historiska utsläpp under handelsperioden 2008-2012. Det finns flera nackdelar med en tilldelning som baseras på historiska utsläpp, exempelvis att tidigare utsläpp snabbt blir inaktuella, eller att industrier skulle kunna börja släppa ut mer för att få större andel gratis utsläppsrätter inför nästa period.
Därför föreslår Energimyndigheten istället ett system som inkluderar all produktion av el och värme, även den som inte är fossilbaserad- ett så kallat bränsleoberoende riktmärkessystem. Skillnaden är bland annat att även tidiga åtgärder för att skära ned sina utsläpp från industrins sida belönas.